Пока идёт бинарный апгрейд nginx, systemctl reload nginx не применяет конфиг так, как вы думаете: в лучшем случае к половине процессов сервера, в худшем — вообще никуда. Код возврата ноль в обоих случаях, в error.log пусто. Что именно у вас — решает одна строчка в юните: -s reload бьёт по pid-файлу, а он после USR2 принадлежит новому мастеру; kill -s HUP $MAINPID бьёт по старому, а тот конфиг вооб
